Иван Баштовой работает в структуре «Шахтёра» с 2010 года. Сначала он отвечал за физическую подготовку в «Шахтёре-2» и Академии клуба, а в 2014 году вошёл в штаб первой команды. На этом уровне специалист трудился до 2022 года.

Параллельно с 2017 по 2022 год Баштовой был фитнес-тренером сборной Украины. Затем он провёл период в латвийской «Риге», где работал с августа 2022-го по март 2023-го, а летом 2024 года вернулся в донецкий клуб. С 27 мая 2025 года входит в штаб Арды Турана.