Изаки Силва прошёл подготовку в академии «Флуминенсе», где занимался с десятилетнего возраста. В мае 2023 года он оформил свой первый профессиональный контракт. Уже в 2024-м вместе с юношеской командой клуба выиграл чемпионат Бразилии U17 и Кубок Бразилии U17. За «Флуминенсе» U20 полузащитник сыграл 10 матчей и забил 2 гола.

6 декабря 2024 года Силва дебютировал за основную команду «Флуминенсе» в матче Серии A против «Куябы», а в общей сложности провёл за неё 12 встреч. 28 августа 2025 года бразилец подписал с «Шахтёром» пятилетнее соглашение. Изаки действует преимущественно на позиции центрального атакующего полузащитника, но может играть как в середине поля, так и на фланге. Он хорош в дриблинге и пасе, полезен при создании моментов, их завершении и работе в прессинге.